差し引く「補てんされる金額」は、その給付の目的となった医療費が限度です。入院給付金が入院の医療費より多くても、差し引くのはその入院の医療費までで、余った分をほかの医療費から差し引く必要はありません（国税庁）。
例
1年間の医療費：入院Aで40万円、通院Bで10万円（合計50万円）。入院Aについて入院給付金を50万円受け取った。総所得金額等は200万円以上。
| 項目 | 金額 |
|---|---|
| 払った医療費の合計 | 50万円 |
| 補てんされる金額（入院Aの給付金50万円のうち、入院Aの医療費40万円まで） | −40万円 |
| 差し引き | 10万円 |
| −10万円 | 医療費控除 0円 |
※ 説明のための例です。通院Bの10万円は補てんされずに残りますが、そこから10万円を差し引くので控除は0円です。
補てんされる金額の例
- 生命保険などの入院費給付金
- 健康保険の高額療養費
- 出産育児一時金（出産の費用）
入院給付金そのものは非課税です（給付金の税金）。計算は医療費控除の計算ツールでもできます。
出典：国税庁「No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）」、生命保険文化センター「入院給付金などを受け取ったときの税金は？」。