医療費控除は、（実際に払った医療費の合計−保険金などで補てんされる金額）−10万円で計算し、最高200万円です。総所得金額等が200万円未満の人は、10万円のかわりに総所得金額等の5%を引きます。入院給付金・高額療養費・出産育児一時金などは、その給付の目的となった医療費の金額を限度に差し引きます（国税庁 No.1120）。
計算式
医療費控除の額（最高200万円）＝（実際に払った医療費の合計 − 保険金などで補てんされる金額）− 10万円
※ 総所得金額等が200万円未満の人は「10万円」のかわりに「総所得金額等×5%」
差し引く「補てんされる金額」の例
計算の例
1年間に払った医療費：入院Aで40万円、通院Bで10万円（合計50万円）。入院Aについて入院給付金を30万円受け取った。総所得金額等は200万円以上。
| 項目 | 金額 |
|---|---|
| 払った医療費の合計 | 50万円 |
| 補てんされる金額（入院Aの給付金。入院Aの医療費40万円が限度） | 30万円 |
| 差し引き | 20万円 |
| −10万円 | 医療費控除 10万円 |
もし入院Aの給付金が50万円だったとしても、差し引くのは入院Aの医療費40万円まで。補てんしきれない分を、ほかの医療費（通院B）から差し引く必要はありません。
※ 説明のための例です。
計算は医療費控除の計算ツールでもできます。
申告のしかた
- 領収書をもとに「医療費控除の明細書」を作る。医療保険者が出す医療費通知があれば、それを使って明細書の記載をかんたんにできる
- 確定申告書に医療費控除の事項を書き、明細書を添えて税務署に出す
- 領収書は、確定申告の期限から5年間、税務署から提示や提出を求められることがあるので保管する
年末調整では医療費控除は受けられないので、会社員も確定申告が必要です。生命保険料控除などを年末調整で受けそこねた場合も、あわせて申告できます（年末調整）。
出典：国税庁「No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）」、生命保険文化センター「入院給付金などを受け取ったときの税金は？」。